Het Pinetum Blijdenstein werd gesticht door Benjamin Willem Blijdenstein. Blijdenstein werd in 1839 in Enschede geboren. Zijn vader was oprichter van de Twentsche Bank in Amsterdam. Toen zijn vader in 1866 overleed nam hij de leiding van de bank op zich. Hij ging wonen in Amsterdam maar na enige jaren besloot hij buiten de hoofdstad te gaan wonen.
Zijn keuze viel daarbij op Hilversum, dat aan de vooravond stond van een onstuimige groei. Blijdenstein kocht een stuk grond aan de 's-Gravelandseweg om daar een buitenplaats te vestigen. Als architect voor het landhuis viel de keuze op Isaac Gossschalk. Deze ontwierp het huis, villa Vogelenzang, dat in 1883 gereed kwam, in de neorenaissancestijl met een hoge ronde toren waarvandaan men uitzicht had op de Zuiderzee. Ook was er een glazen tropische kas.
De tuin werd deels ingericht als siertuin, deels als landschappelijke tuin. Blijdenstein reserveerde het gedeelte van zijn landgoed tussen de huidige Jonkerweg en de latere Van der Lindenlaan voor het verzamelen van exotische planten en bomen. Zijn interesse in botanische tuinen was ontstaan toen hij in Londen werkte en daar bevriend raakte met de directeur van de koninklijke botanische tuin Kew Gardens.
Het gedeelte van de tuin aan de Van der Lindenlaan diende in eerste instantie als groente- en fruittuin, met kassen voor de kweek van exotische vruchten. Het werd aan twee zijden omgeven door een fruitmuur in de vorm van een warmtemuur, zo genoemd omdat hij is uitgevoerd met een spouw.
In 1909 liet Blijdenstein een pinetum in Engelse landschapsstijl ontwerpen door tuinarchitect Hendrik Copijn. De tuin kreeg gebogen paden met slingerend verloop om de indruk van oneindigheid te wekken en verrassingseffecten te creëren.
Blijdenstein bleef intensief contact houden met Kew Gardens en zaden en bomen uitwisselen. Zo stuurde hij zijn tuinman regelmatig naar Londen om daar de kneepjes van het vak te leren. Zijn doel was een zo compleet mogelijke coniferencollectie tot stand te brengen. In 1903 gaf hij opdracht aan architect Johan Wilhelm Hanrath om een ontwerp te maken voor een woning voor de hoofdtuinman van Vogelenzang. Het huis fungeert ook nu nog als beheerderswoning.
Behalve bankier en verzamelaar van coniferen was Blijdenstein ook een figuur van betekenis voor de Hilversumse gemeenschap. Hij nam onder meer het initiatief tot de oprichting van de HBS (thans Roland Holst College) en het bejaardenhuis De Egelantier.
Ook was hij een aantal jaren lid van de gemeenteraad. Blijdenstein overleed in 1914. Hij werd ingeschreven in het Gulden Boek van de gemeente Hilversum.
Na zijn overlijden bleek de instandhouding van de buitenplaats een te zware last voor de familie. In 1928 werd het terrein daarom verkocht aan de N.V. Gooisch Grondbezit, die het verkavelde en er woningen bouwde. Zo ontstond de huidige Laan van Vogelenzang, waar nog steeds een paar bomen staan van het oorspronkelijke landgoed. Voor de monumentale villa Vogelenzang bestond geen belangstelling en deze werd gesloopt.
Het pinetum viel buiten de grondoverdracht. Voor dit gedeelte van de tuin had Blijdenstein testamentair bepaald dat het als wetenschappelijk instituut behouden zou blijven. De familie bood het pinetum tevergeefs aan aan de gemeente Hilversum en de Landbouwhogeschool in Wageningen. Uiteindelijk werd de tuin in 1929 aan de gemeente Amsterdam geschonken omdat het hoofdkantoor van de Twentsche Bank daar stond. De gemeente gaf het vervolgens in beheer bij de Hortus Botanicus van de Gemeente Universiteit Amsterdam. In de akte van schenking werd bepaald dat het geschonkene altijd bestemd zou blijven voor het pinetum en dat bij opheffing van het pinetum het eigendomsrecht zou vervallen aan de erfgenamen Blijdenstein.
Als onderdeel van de Amsterdamse Hortus Botanicus speelde het Pinetum als mini-hortus van 1,4 ha jarenlang een belangrijke rol in het wetenschappelijk onderzoek dat aan de Universiteit van Amsterdam werd verricht.
Aan het eind van de jaren negentig werd het voortbestaan van het Pinetum echter onzeker. Zowel de Universiteit van Amsterdam, de gemeente Hilversum als de gemeente Amsterdam lieten weten van hun verplichtingen jegens het Pinetum af te willen. De tuin werd daarom in erfpacht overgedragen aan Stichting Pinetum Blijdenstein. Deze stichting is thans verantwoordelijk voor het beheer en de exploitatie van het Pinetum met zijn collectie coniferen, die behoort tot de meest complete in de wereld.
